Pohjois-Pohjanmaan elinkeino-, liikenne- ja ympäristökeskus turvaa luonnon monimuotoisuutta toteuttamalla luonnonsuojeluohjelmia sekä suojelemalla ja hoitamalla arvokkaita luontotyyppejä ja uhanalaisia eliölajeja Pohjois-Pohjanmaan maakunnassa. Valtakunnallisten luonnonsuojeluohjelmien, Natura-verkoston ja maakuntakaavan kohteiden suojelun lisäksi toteutetaan myös vapaaehtoisuuteen perustuvaa METSO-ohjelmaa.
ELY-keskus valvoo luonnonsuojelun yleistä etua arvioimalla hankkeita ja suunnitelmia, joilla saattaa olla vaikutuksia luonnon monimuotoisuuteen.
Keskeisimmät erityisesti Pohjois-Pohjanmaalle ominaiset luontoarvot liittyvät maankohoamisrannikkoon, suo- ja metsäluontoon, harjuihin ja virtaaviin vesiin. Näiden ohella muutkin luontotyypit ja eliölajisto sisältävät Pohjois-Pohjanmaalla erityisiä luontoarvoja. Maisemanhoito ja –suojelu sekä luonnon monimuotoisuuden tilan seuranta kuuluvat myös ELY-keskuksen tehtäväkenttään.